Configurar o mesmo NCM com tributações diferentes (com ST / sem ST)
Quando o mesmo NCM tem situações tributárias diferentes conforme o estado (com ST num, tributado integralmente noutro), configure isso no grupo de tributação. No exemplo: NCMs 8708.80.00 (amortecedor) e 8421.23.00 (filtro) — saindo de MG são ST, saindo de GO são tributados integralmente.
As configurações abaixo são exemplos. Valide as situações tributárias, CFOPs e alíquotas com a sua contabilidade.
1. Crie um grupo de tributação
Acesse Cadastro › Fiscal › Grupo de Tributação › Novo. Na aba Dados, preencha as informações e salve.

Na aba Alíquota, cadastre primeiro a UF de origem MG: altere a situação tributária B para 10 (Substituição Tributária) e replique para todos os estados; salve.

Clicando na linha você confere os dados — deve estar marcado o cálculo de ST.

Agora cadastre a outra tributação: ainda na aba Alíquota, mude a origem para GO, altere a situação tributária B para 00 (Tributado integralmente) e replique para todos os estados; salve. (Ao conferir a linha, a opção Calcula Substituição do ICMS deve estar desmarcada.)

Na aba NCM, adicione os NCMs informando os códigos inicial e final.

Depois de incluir os NCMs, clique em Classificar Produtos pelo NCM. Na aba Alíquota ICMS, adicione os grupos de alíquotas das operações.

2. Atualize as operações internas (e as filiais)
Selecione uma operação interna e clique em Editar Operação. Na aba Fiscal › Cadastro, crie uma nova linha com o grupo de tributação recém-criado.

Na linha do novo grupo, inclua os CFOPs das operações.

Na aba Fiscal › Empresa, selecione o grupo criado, clique na linha para inserir os CFOPs por filial, escolha a filial e informe os CFOPs.

Pronto — a NF passa a sair com a tributação correta conforme o estado.